Perler kommer i alle farver i spektret. Mens safirer, rubiner og smaragder er det, der kommer først i tankerne, når man tænker på en farvet perle, er der så mange andre smukke farvede ædelsten at overveje. Selv blandt ædelstene, der normalt er forbundet med en farve, er der graderinger og variationer til dem. Somapphirekommer for eksempel i mange forskellige nuancer af blå, afhængigt af hvor den kommer fra. Men safirer kan også fås i lyserød, gul og grøn.
De mest værdsatte farvede perler er i de meget dybeste, rigeste nuancer i farven. Mens safirer kan variere fra lyseblå til næsten sort, de mest værdifulde er en rig, dybblå. Det samme gælder for rubiner. Mens de også kan variere i farve fra bleg til meget mørk og mørk, er den mest værdsatte farve det, der kaldes dueblod, en dyb blodrød rubin der udvindes i det, der engang var kendt som Burma.
Den dyreste smaragder er en dybgrøn, selvom smaragder i sig selv kommer i et bredt spektrum af nuancer, fra gulgrøn til blågrøn. Alle farvede perlerog klare perler er afhængige af ekspertskæring og polering for at fremvise farverne i al deres finesser og glans.
Generelt jo dybere og rigere farven er, jo mere værdifuld er stenen. De bedste ametyster vil være en mørk, kongelig lilla. En lysere ametyst er simpelthen ikke så værdifuld.
Men mange mennesker foretrækker disse lysere eller mørkere graderinger i farve. Og de har tendens til at være mere overkommelige. En lidt lysere farve ametyst er meget lettere at få end den "ideelle" farve, men er stadig en smuk ædelsten.
Mærkeligt nok vurderes diamanter efter, hvor farveløse de er. Jo mindre farve, jo højere er diamantens kvalitet. Medmindre det selvfølgelig er en defineret farve, såsom en lyserød diamant eller en kanariefugl. Disse er næsten lige så dyrebare som en næsten farveløs diamant.